広い銀河の果てまでも、悪を叩いて流れ星。行く手を阻むか宇宙の地獄。怒れ正義のダイケンゴー!（オープニングナレーションより）将軍ロボレオン率いるマゼラン帝国の銀河系侵攻に対して、銀河連盟は主星エンペリアスを中心に迎え撃つものの、圧倒的な戦力比により劣勢に陥る。 その時、950年周期でエンペリアスに接近する彗星「魔神の星」の力によって、エンペリアスの守護神「ダイケンゴー」が覚醒した。エンペリアスの第2王子・ライガーと仲間たちは、ダイケンゴーを駆り、反撃を開始する。